主機通過長期（一般為兩年）的運轉后，應進行清洗，主張選用50℃-60℃、濃度為15百分之的熱磷酸液清洗冷凝器，發動主機自帶循環水泵清洗3小時，之后用自來水清洗3遍。以備清洗時接收。制止用腐蝕性清洗液清洗冷凝器。
水箱需在運用一段時間后（一般為3個月，詳細依據當地水質而定）需進行水垢鏟除（在水硬度較高的區域也可選用：硅磷晶，軟水機等進行水質軟化處理），翻開排水閥直到流出潔清水停止。若空氣源熱泵長期不必，應堵截電源并將機組體系內的水排潔凈；再運轉開機前，應對體系進行查看。
在循環式制熱時，請查看熱換熱器的進水和出水溫度，并與冷凝溫度進行比較。如出水溫度與冷凝溫度在額外水流量下的差值超越5-7℃，即標明熱換器的工作功率下降，需進行清洗。如因非氣候變冷而引起機組耗電量，請聯絡廠方或經銷商對機組進行清洗，進步機組運轉功率及運轉穩定性。
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